Дисковое пространство измеряется в Мегабайтах и состоит из двух составляющих: файлов и базы данных. В Файлы (Filesystem Diskspace) входят файлы сайтов, почта, временные файлы из директории /tmp и логи доступа на сайт. База данных (MySQL Diskspace) состоит из двух частей: самих данных в базе и системных данных для базы - индексы, ключи и кеши.

Индексы, ключи и кеши - необходимы для вашей базы, чтоб она работала быстро и без задержек. Но они занимают значительную часть вашей базы. Часто больше самих физических данных.

Важно: при превышении данной квоты, у вас могут возникнуть проблемы с добавлением файлов на хостинг. Может побиться сайт при обновлении модулей или кода Drupal. MySQL база никак не ограничивается в квоте и может быть больше вашей квоты. 

Что делать: проверьте включены ли у вас логи доступа к сайту и awstats. Если awstats отключен - то или отключите логи и удалите файлы из директории domains/logs/ или включите awstats, он будет раз в сутки обнулять логи и создавать статистику. Что касается базы данных, то проверьте, что у вас включено стандартное кеширование Drupal, настроено истечение кеша хотя бы на 1 сутки, настроен крон.